История Ипатьевского монастыря

За полвека до Куликовской битвы.

Есть основания полагать, что монастырь был заложен в 1330 году на средства татарского мурзы Чета, влиятельного вельможи Золотой Орды, который направлялся через эти края по пути в Москву на службу к великому князю Ивану Калите. На подходе к Костроме, в том месте, где сейчас стоит монастырь, Чет облюбовал дубовую рощу для отдыха. Во время отдыха ему было видение Божией Матери с апостолом Филиппом и священномучеником Ипатием, после чего он был исцелен от какого-то недуга. В благодарность Богу усердием татарского мурзы на этом месте вскоре была основана обитель.

Священномученик Ипатий, имя которого носит монастырь, жил на рубеже III – VI веков, был епископом города Гангра. Он был не очень широко известен на Руси, но Божий промысел судил Ипатию память и славу в далекой от его родины стороне.

Кто-то удивится, узнав, что в создании славного русского монастыря принимал участие знатный татарин, каковым был Чет. Таких фактов, действительно, не так много в истории Руси, но следует помнить, что взаимоотношения азиатских кочевников и русичей, выяснявших отношения в течение нескольких столетий, были намного сложнее и разнообразнее, чем о них говорят сухие строки учебников истории. Наша земля обустраивалась всеми, кто здесь жил, кто не чувствовал себя временщиком и чужестранцем, кто был созидателем по своему духу. Таков был и мурза Чет. Справедливости ради отметим, что выдвигались и другие версии, касающиеся времени появления обители. Академик С. Б. Веселовский относил время её основания к концу XIII века.

Современные историки полагают, что обитель возникла ещё раньше – примерно в середине XIII века. Возможно, её основали новгородцы, почитавшие священномученика Ипатия как покровителя посадников своего города. Однако большая роль мурзы Чета в становлении Ипатьевского монастыря не подлежит сомнению.

Годуновы в судьбе монастыря.

После исцеления Чет крестился с именем Захария. Вместе с ним приняли православное крещение и люди из его ближайшего окружения. В пятом поколении рода Чета-Захарии рождаются два брата, которые впоследствии принимают разные фамилии: Федор Иванович Сабур и Иван Иванович Годун. Это были родоначальники знаменитых родов Сабуровых и Годуновых. Все они, начиная с Захарии, отличались глубокой набожностью, приезжали сюда доживать свой век, желая быть погребенными в стенах монастыря. Некоторые из них приняли здесь монашеский постриг. Завещали похоронить себя на монастырском кладбище практически все потомки Захарии. В стенах Ипатьевского монастыря похоронено несколько поколений предков Бориса и Ирины: их родители — Фёдор Иванович Годунов и его супруга Стефанида Ивановна (в инокинях Сандулея), их дед Иван Григорьевич Годунов и его супруга (нам известно только её иноческое имя Агриппина), их прадед Григорий Иванович Годунов (в иночестве Герасим) и другие. В монастыре был погребён и Дмитрий Иванович Годунов, постельничий Ивана Грозного, столь много сделавший для карьеры своего племянника Бориса при царском дворе. Если бы Борис Годунов не стал царем, его бы тоже похоронили здесь, рядом с отцом и матерью.

Со временем на территории монастыря образовались три усыпальницы, где находилось 52 захоронения. Ныне частично сохранилась только одна из трех усыпальниц, а могилы Захарии и его ближайших потомков утеряны. Так или иначе, земля Ипатьевской обители до сего дня покоит прах знаменитых родов Годуновых и Сабуровых, оставивших заметный след в истории Отечества.

Первой крупной постройкой здесь была деревянная церковь во имя Живоначальной Троицы, на месте которой в 1560 году был построен пятиглавый каменный собор с тем же Троицким престолом и приделами во имя святого апостола Филиппа и священномученика Ипатия. Храм был сравнительно небольшим. (Именно в нем 14 марта 1613 года был призван на царствие Михаил Романов.)

В XIV и XV веках Ипатьевская обитель была довольно небольшой и малоизвестной. Возвышение рода Годуновых послужило началом к переустройству монастыря. Начиная с середины XVI столетия до 1605 года, то есть за 50 лет, был выполнен комплекс работ по каменному строительству в монастыре. Комплекс включал в себя сооружение вышеупомянутой Троицкой церкви, монастырских стен с въездными воротами, среди которых особое положение занимали Святые парадные ворота с надвратной церковью во имя великомученика Феодора Стратилата и великомученицы Ирины. Церковь возведена в честь соименных святых царя Феодора Иоанновича и его супруги царицы Ирины. Как было написано в закладной доске: «...на память от рода в род по душех своих и по своих родителей в вечный поминок».

Каменные стены, согласно летописи, были возведены в 1586 году по повелению царя Федора Ивановича. Стены монастыря, опоясавшие территорию так называемого Старого города, имели протяженность 243 сажени ( 518 метров ) и получили вид прямоугольника неправильной формы. Крепостная стена по углам фланкировалась четырьмя круглыми башнями. В монастырь вело пять въездных ворот: с южной, западной и северной стороны и двое ворот со стороны реки Костромы — Святые и Водяные. Въездные ворота были укреплены квадратными башнями, из них сохранилась лишь башня над Южными воротами. Стены имели толщину около полутора метров, а позднее, в XVII веке, были надстроены до 3 метров . Первоначальная высота стен была на 2 метра ниже современной и достигала 7 метров .

Ипатьевский монастырь — характерный образец крепостной архитектуры Древней Руси XVI века. Каменная ограда монастыря, неприступная извне, с внутренней стороны имела важные преимущества для организации обороны. Главное боевое значение имели башни (стрельницы), где устанавливались крупные орудия. Для хранения пороха предназначалась специальная Пороховая (северо-восточная) башня. В Водяной башне был потайной выход к реке Костроме, что обеспечивало бесперебойное снабжение водой во время осады. Стены и башни с внутренней стороны связаны широким переходом — галереей боевого хода. Так монастырь стал крепостью на подступах к городу на старой Ярославской дороге.

Дмитрий Годунов внёс огромный вклад в монастырскую ризницу и библиотеку. Многие из вкладных Годуновских икон хранятся в фондах Костромского музея-заповедника, куда они поступили из ризницы Ипатьевского монастыря, некоторые из них можно встретить в московских музеях: Третьяковской галерее, Историческом музее, Оружейной палате Московского Кремля и других музейных хранилищах.

Д. И. Годунов заказывал много рукописей. Несколько весьма ценных рукописных книг он передал Ипатьевскому монастырю, в храмы Московского Кремля и церкви других го родов и монастырей. Рукописи украшались миниатюрами, одевались в богатые серебряные и позолоченные оклады, большинство из них изготовлялось в царских мастерских.

Из Ипатьевского монастыря происходит лицевое, то есть снабженное иллюстрациями, Евангелие 1605 года, хранящееся в Оружейной палате Московского Кремля. Оно на писано превосходным полууставом и украшено голубыми с золотом заставками и многочисленными миниатюрами. Среди них — сложная композиция «Родословное древо Иисуса Христа», включающая библейских «предков Христа» в медальонах и «Рождество Христово».

Годуновы жертвовали в Ипатьевский монастырь ценные сосуды из серебра, украшенные чеканкой или гравированными изображениями и орнаментом: водосвятные чаши, панихидные блюда. Предметы церковной утвари: массивный потир, дискос, копие и лжица — сделаны из золота и украшены чеканными изображениями. На одном из потиров есть надпись: «Лета 7107 (1599) при царе и великом князе Борисе Федоровиче всея Руси дал сей потир в дом Пречистые и Живоначальные Троицы в Ыпацкой монастырь золотые сосуды патырь, звездицу, три блюдца, лжицу, копейцо. Дал конюшей и боярин Дмитрей Иванович и сын его Владимир по своей душе и по своих родителей в вечный благ». 
Время смут и испытаний.

С наступлением Смутного времени для Ипатьевской обители начались трудные дни. В 1608 году монастырь I был оккупирован одним из отрядов самозванца Лжедмитрия II, но прибывшее из Галича народное ополчение организовало правильную и успешную осаду крепости. При этом вокруг стен был вырыт осадный ров.

Летом 1609 года отряд самозванца был выбит из монастыря. Во время штурма была взорвана стена. От взрыва значительно пострадали обе надвратные церкви и Троицкий собор.

Юный царь Михаил Романов.

История Святой Руси хранит для будущих поколений уроки тяжких невзгод и потрясающих триумфов. Русский народ в своей истории был ведом Богом то путем славы и величия во времена всеобщего стремления к благочестию и чистоте духовной, то по тернистому пути испытаний за великие грехи наши. Но как только православный народ возносил покаянные молитвы, Русь возвращалась на путь благоденствия. Так было и во время Смуты начала XVII века, по слову Пушкина, «величественной драмы, начавшейся в Угличе и закончившейся в Ипатьевском монастыре».

После нескольких лет войн и раздоров пришло время единения и все общего национального согласия. В феврале 1612 года Кострома напутствовала нижегородское народное ополчение, которое двигалось в Москву для окончательного освобождения от польского засилья.

Вскоре в Москве собирается Земский Собор, который «яко едиными усты» избирает на русский престол шестнадцатилетнего Михаила Романова. 21 февраля 1613 года Собор присягнул православному царю. Сам избранник в это время пребывал в своей костромской вотчине – селе Домнине.

Из Москвы в Кострому было отправлено Великое Посольство для изъявления воли народа вновь избранному монарху. В это же самое время поляки, узнав об избрании Михаила, решили захватить его. Но русский крестьянин Иван Осипович Сусанин ценой своей жизни спас юного царя – надежду России.

14 марта, на двенадцатый день своего движения от Москвы, посольство торжественным шествием с правого берега по льду Волги направилось к Ипатьевскому монастырю. В то же время вторая процессия из духовенства и мирян двигалась из Костромы. Обе процессии были встречены у стен монастыря Михаилом и его матерью, инокиней Марфой. Был воскресный день, колокольные звоны всех костромских церквей оглашали это историческое событие. Послы преподнесли избраннику грамоты. Однако юный избранник, памятуя о недавних интригах и предательствах, долго отказывался от оказанной ему чести. И только после шестичасового увещеванья послы убедили Михаила отринуть сомнения, принять решение Собора и положиться на «праведные и непостижимые судьбы Божий». Представ пред чудотворным образом Феодоровской Божией Матери, Михаил Романов был благословлен на царство.

<Годы процветания (1613-1693)

Наступило время, когда монастырь под покровительством российских монархов обновлялся и процветал. После нормализации обстановки в стране с 1621 года началось восстановление монастыря. В 1621-1623 годах произведены восстановительные работы по починке монастырских стен и зданий, поврежденных во время осады. Ограда была «в вышину надделывана». Работы проводились по царскому указу мастерами, присланными из Москвы (Иван Неверов и другие), а также «каменщиками московскими, костромскими, ипатскими и богоявленскими». В дальнейшем строительные работы в монастыре велись в основном силами каменщиков и кирпичников, проживавших в расположенной; возле монастыря Ипатьевской, или Богословской слободе.

В 1642-1645 годах по повелению Михаила Федоровича территория монастыря с западной стороны была расширена и ограждена каменной стеной, что увеличило занимаемую монастырем площадь почти вдвое. Новая территория монастыря полу чила название Нового города. Работы производились под руководством старца Иосифа. Тогда же проявил свой талант каменщик и зодчий из Богословской слободы Андрей Андреев Кузнец. Летопись отмечает дату построения Нового города и указывает, что ограда возведена «во спасение иночествующим и в сохранение христоименитым людям». В 1673 году строится новая церковь Иоанна Златоуста в одной связи с каменной колокольней и каменными больничными кельями. В 1808 году церковь и кельи за ветхостью были разобраны.

В конце 1652 года на месте раз рушенного взрывом был отстроен новый, ныне существующий Троицкий собор. Собор представляет собой пятиглавый храм крестово-купольного типа, поставленный на подклете и окруженный с трех сторон галереей с крыльцом, выходящим на северную сторону, на центральную площадку монастыря. Северная сторона храма рассматривалась как главный фасад здания, она обрамлена богаче. Декоративное убранство стен главного куба собора и барабанов отличается большой пластичностью, оформление галерей выдержано в плоскостных геометрических формах. Узорчатые ширинки сплошь заполняют стену.

Начавшиеся было работы по росписи Троицкого собора были прерваны, вероятно, из-за морового поветрия 1654 года и возобновлены только три десятилетия спустя, в 1685 году. Во второй половине XVII века костромскую артель иконописцев возглавил Гурий Никитин, крупнейший мастер монументальной живописи этого времени. Клеймо на северной стене содержит перечень имен художников-иконописцев, принимавших участие в росписи храма: «(О Бозе) трудившийся сию святую церковь изографы града Костромы сии суть имена: Гурий Никитин, Сила Савин, Василей Осипов, Василий Козмин, Артемий Тимофеев, Петр Аверкиев, Григорей Григорьев, Марко Назарьев, Василий Миронов, Фома Ермилов, Филип Андреянов, Ефим Карпов, Макарей Иванов, Василей Васильев, Лука Марков, Гавриил Семенов, Василий Никитин, Федор Ли(пин), (Фе)дор (Л)оги(нов)». Артель представляла собой слаженный коллектив талантливых художников-монументалистов. В 60-80-х годах XVII столетия Гурию Никитину «с товарыщи» по ручались ответственные работы в московских придворных и патриарших храмах, при дворе Ростовского митрополита Ионы (Сысоевича) и в Ярославле, где в это время было не мало своих перворазрядных иконописцев - Севастьян Дмитриев, Дмитрий Григорьев, Лаврентий Севастьянов и другие.

В стенописи Троицкого собора ярко проявились особенности стиля костромской школы живописи. На стенная фресковая роспись имеет четыре яруса. Из них самый верхний славит Пресвятую Троицу, второй – чудеса Господа нашего Иисуса Христа, третий описывает Страсти Христовы, нижний, четвертый, повествует о деяниях святых апостолов.

В XVII веке в стенах монастыря было написано много рукописных книг: евангелия, минеи с житиями святых, чудеса иконы Феодоровской Богоматери, синодики. Два синодика в собрании рукописей музея украшены превосходными заставками, в синодиках записаны родословные Годуновых, Романовых и других исторических лиц. Род Гурия Никитина записан в синодике Богоявленского монастыря, хранящемся в Государственном архиве Костромской области.

Неизвестно, каким образом попала в библиотеку Ипатьевского монастыря драгоценнейшая рукопись, названная по месту ее нахождения Ипатьевской летописью. Здесь она хранилась до 1814 года, когда была найдена Н. М. Карамзиным. Ипатьевская летопись написана в начале XV века, как полагают, в Пскове и состоит из трех частей.

Первая часть – «Повесть временных лет» в редакции 1118 года. Вторая часть охватывает 1118-1199 годы — это свод, составленный в 1200 году в Киевском Выдубицком монастыре. Третья — галицко-волынская летопись с привлечением некоторых ростово-суздальских летописных сказаний; она доводит повествование до 1292 года.

К концу XVII века трудами монахов и вкладами многочисленных жертвователей обитель стала одной из наиболее богатых на Руси. Все это было свидетельством авторитета монастыря, его значимости в глазах общества. Хозяйственные хлопоты не мешали многочисленной братии вести напряженную духовную жизнь. Россия крепла и спасалась молитвами таких обителей, как Ипатьевская.

Время упадка (1693-1744)

«Начало славных дней Петра» было разрушительным для Ипатьевской обители. В 1693, 1699 и 1700 годах снимается часть колоколов, которые вместе с медными котлами пересылаются в Москву для ратного дела. Последующие годы правления прославленного монарха так же негативно сказывались на положении обителей, как и первые. В 1721 году вновь назначенный архимандрит Гавриил писал в грамоте, адресованной Священному Синоду: «...нашел в Ипатьевском монастыре все ветхое, ...врата распалися и столпами деревянными подперты, всего же разорения обители вкратце и описать невозможно».

По-видимому, упадок монастыря был прямым следствием ряда царских указов, по одному из которых доходы и пожертвования, превышавшие 6 рублей в год из расчета на одного монаха, изымались в казну.

Монастырь впервые стал использоваться как место ссылки. Сюда удаляют греческих монахов Иоанникия и Софрония Лихудов, вызванных в свое время из Греции для перевода богослужебных книг. Здесь учёные братья заканчивают работу над «Грамматикой». 
Восстановлены и новые здания (1744-1835)

В связи с учреждением в 1744 году Костромской епархии монастырь стал резиденцией архиерея, и монастырские здания теперь использовались в качестве служебных помещений и под архиерейские покои. В связи с этим в середине и во второй половине XVIII столетия монастырь перестраивается. Расширяются старые здания, строятся новые. В 1745-1750 годах при епископе Сильвестре реконструируется комплекс зданий с восточной стороны, между настоятельскими покоями и Святыми воротами. В это время надстраивается третий этаж настоятельских покоев. Почти на столетие (с 1744 – по 1835 год) Троицкий собор монастыря стал кафедральным собором епархии, а выходивший к реке Костроме корпус, где разместились архиерейские покои, получил название архиерейского. Монастырь стал также и местом упокоения костромских владык. В 1768 году епископом Дамаскином в Троицком соборе под приделом преподобного Михаила Малеина был устроен храм праведного Лазаря, который и стал архиерейской усыпальницей.

В 1747 году в монастыре была размещена открывшаяся в епархии Костромская Духовная семинария – одна из старейших в России. В 1764 году заканчивается строительство нового теплого храма в честь Рождества Богородицы, в Троицком соборе заново устанавливается новый иконостас, который сохранился до наших дней.
Царственные паломничества

В 1767 году во время путешествия по Волге на галере «Тверь» Кострому удостоила своим посещением императрица Екатерина II. Во время посещения особое внимание было уделено Ипатьевскому монастырю как колыбели династии Романовых. 15 мая Екатерина участвовала в Божественной литургии в Троицком соборе, восседая на царском месте – даре Михаила Федоровича монастырю.

7 октября 1834 года костромское духовенство и граждане города встречали у стен монастыря императора Николая I. Император внимательно осмотрел ризницу обители и келий, где проживал Михаил Федорович с матерью. Он повелел восстановить эту «знаменитую по свершившимся в ней событиям обитель и обновить все здания сего монастыря». Так уже в марте 1835 года Ипатьевский монастырь был возведен в степень первоклассного. По повелению Николая I была выполнена переделка фасада архиерейских келий. В 1842 году были завершены работы по реставрации Романовских палат архитектором Тоном, а в 1856 повелением императора Александра II палаты вновь были реставрированы в стиле XVII века.

Последующие три императора удостоили монастырь своим посещением по два раза (один раз, будучи наследниками, второй раз – с титулами императоров). Александр II — в 1837 и в 1858 годах, Александр III — в 1866 и в 1881 годах и Николай II — в 1881 и в 1913 годах.

Трехсотлетие Дома Романовых

В начале XX века монастырь про изводил необычайно сильное впечатление на паломников. Искусствовед Г. К. Лукомский писал в то время: «Ипатьевский монастырь... окружен высокими стенами: башни-бойницы, башни-дозорные, островерхие, круглые и уступчатые — придают внуши тельный, даже грозный вид древней обители. Но черные, лохматые кедры, пушистые лиственницы и плакучие березы вносят живописность, а выглядывающие из-за листвы золотые главы собора вливают торжественную ясность в тот архитектурный пейзаж, который открывается перед глазами обозревателя, когда он вступит на деревянный... мост через реку Кострому».

В 1913 году отмечалось 300-летие царствования Дома Романовых. Юбилей праздновался в Петербурге, Москве, других городах, но одним из главных мест проведения торжеств стала Кострома. Большинство календарей тогда вышло с видами Ипатьевского монастыря. Общественность города и насельники монастыря пребывали в ожидании торжеств, в ожидании царственных особ. Накануне празднования были произведены капитальный ремонт и реставрация Троицкого собора. Руководила реставрационными работами Археологическая комиссия во главе с архитектором Д. Милеевым. Вокруг собора был опущен грунт, открыт и облицован белым известковым камнем цоколь. Одновременно был исследован древний фундамент, который оказался выложенным из огромных булыжников.

На празднование в обитель прибыли император Николай II со всей семьей, председатель Совета министров В. Н. Коковцев, министры и придворные. Сюда же прибыли потомки и правопреемники участников московского посольства 1613 года – управляющий Рязанской епархии, келарь Троице-Сергиевой Лавры, наместник Чудова и архимандрит Новоспасского монастырей, протоиереи Архангельского и Благовещенского соборов Московского Кремля. В огромной толпе народа, встречавшей Николая II у монастыря, находилась и группа потомков Ивана Сусанина.

Во время прибытия царского парохода из Нижнего Новгорода в монастырь через всю Кострому прошел грандиозный крестный ход, в котором приняло участие все духовенство Костромы во главе с викарием епархии епископом Арсением. У стен Нового города Николай II был встречен архиепископом Костромским и Галичским Тихоном. Император приложился к Феодоровской иконе Божией Матери, которой был благословлен на царство его предок Михаил, и вошел в обитель. Под перезвон колоколов государь прошел в Троицкий собор, где отстоял литургию и молебен, после чего «в палатах бояр Романовых» осмотрел древнехранилище Церковно-Исторического общества. В экспозиции сокровищ Ипатьевского монастыря была представлена Владимирская икона Божией Матери, принесенная Московским Посольством, икона-складень из молельной комнаты юного царя, посох, принадлежавший Михаилу Романову, и другие ценности. Во время пребывания Николая II в монастыре был момент, когда он вышел к народу, запрудившему все пространство между обителью и берегом реки Костромы...

Ничего подобного торжествам 19 мая 1913 года в истории обители после марта 1613 года не было, и в каком-то смысле эти дни стали апофеозом древнего монастыря. В то же время это было как бы и прощание со всей уходящей старой Россией, Россией царской, Россией Михаила Романова и его потомков... Это был последний триумф монастыря. Революционные события 1917 года выдвинули новые ценности, среди которых не нашлось места ни монастырям, ни национальным святыням, ни самой идее Божьего Духа.

Годы советской власти

Новая власть с самых первых своих шагов была нацелена на искоренение православных святынь. В начале 1919 года монастырь был закрыт, монахи и епископ Филарет (Никольский) изгнаны, а всё имущество национализировано. Часть монастырских помещений была передана губернскому музею, а в большей части строений разместился Советский поселок, где поселились жители фабричной окраины Костромы. Еще какое-то время – до 1922 года – продолжалась служба в соборах и разносился по округе звон колоколов с монастырской звонницы.

Общая беда всех храмов России - проводимое под предлогом помощи голодающим изъятие церковных ценностей – не миновала и обитель на устье Костромы. В марте 1922 года губернская комиссия конфисковала священные сосуды, лампады, подсвечники, оклады для икон общим весом в 36 фунтов золота (более 14 килограммов ) и 12 пудов 30 фунтов серебра (около 200 килограммов ).

В конце 1922 года в архиерейском корпусе монастыря вспыхнул пожар, после чего обгоревшее здание было передано городскому профсоюзу текстильщиков, приспособивших его под жилье для рабочих костромских текстильных фабрик. Заселение бывшего архиерейского корпуса в декабре 1923 года описал со свойственной ему ненавистью к Православию и русской культуре в очерке «Конец св. Ипатия» один одесский маргинал, ставший мелким революционным литератором.

К 1936 году количество квартир в монастыре достигло 140. В них проживало около 700 человек. В церкви Рождества Богородицы были размещены экспонаты антирелигиозного музея. В первой половине 30-х годов эта церковь была разрушена, кроме того, к разрушению были намечены стены монастыря и ряд других церковных построек. К счастью, большая часть из них сохранилась.

С середины 40-х годов начался постепенный пересмотр отношения властей к религиозным ценностям, понемногу монастырь стал восприниматься как достопримечательность. В 1956 году из зоны затопления Горьковского водохранилища на территорию монастыря был перевезен уникальный, сработанный без единого гвоздя деревянный Спасо-Преображенский храм из села Спас-Вежи. Низкий поклон тем труженикам и бессребреникам, которые по брёвнышку перевезли и восстанови ли это изумительной красоты творение русского зодческого гения. В 1958 году в стенах монастыря создаётся историко-архитектурный музей-заповедник, начинается выселение проживавших в нем людей.

Возрождение.

Возрождение Ипатьевского монастыря как святыни русского Православия началось вскоре после торжественного празднования Тысячелетия Крещения Руси, положившего начало установлению новых взаимоотношений между Церковью и государством. 23 ноября 1989 года впервые после многих десятилетий забвения епископ (ныне – архиепископ) Костромской и Галичский Александр совершил молебен и панихиду в Троицком соборе. В октябре 1991 года Свято-Троицкий Ипатьевский мужской монастырь был зарегистрирован как юридическое лицо. 8 января 1992 года в Троицком соборе епископ Костромской и Галичс­кий Александр совершил первую после 1922 года Божественную литургию.

8 мая 1993 года Ипатьевский монастырь посетил Предстоятель Русской Православной Церкви Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий II; тогда же Костромской епархией и администрацией Костромской области было подписано утвержденное Святейшим Патриархом и министром культуры Российской Федерации «Соглашение о совместном использовании комплекса зданий и сооружений Свято-Троицкого Ипатьевского мужского монастыря монашеской общиной и Костромским государственным объединенным историко-архитектурным музеем-заповедником».

14 февраля 1994 года в пользование Костромской епархии для размещения монашеской общины передана часть зданий Ипатьевского монастыря - Лазаревская церковь в подклете Троицкого собора, звонница и кельи над погребами. После долгого и трудного этапа поиска взаимно приемлемых решений в июле 2002 года процесс возвращения Церкви зданий Ипатьевского монастыря продолжился: в пользование Костромской епархии переданы также здание богадельни (вотчинной конторы), стены и башни Нового города. С этого времени братия обители совершает периодические богослужения в Троицком соборе и Лазаревской церкви, служит в располагающемся около Ипатьевского монастыря Иоанно-Богословском храме и духовно окормляют одну из новопостроенных церквей Костромского района – Ильинский храм села Ильинского.

30 августа 2002 года, по случаю празднования 850-летнего юбилея основания Костромы, Святейший Патриарх Алексий II вновь посетил Ипатьевский монастырь. В ходе визита Его Святейшество призвал максимально ускорить процесс возвращения этой древнейшей в Костромском крае обители Русской Православной Церкви. «Передача монастыря Церкви не означает закрытие музея или каких-либо ограничений для туристов - музей и монашеская община могут здесь гармонично сосуществовать. Но только «возрождение в древних стенах монашеской жизни даст возможность во всем объеме оценить историческое и духовное значение выдающегося памятника Отечества».

Указом Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II № 2732 от 13 мая 2004 года наместником монастыря был назначен архимандрит Иоанн (Павлихин).

К началу 2004 года общине принадлежали строения Нового двора – здание монастырской богадельни и корпус «над погребами»; Троицкий собор находился в совместном использовании с музеем.

Главная святыня обители – чудотворная Ипатьевская икона Божией Матери (список с Тихвинской иконы Пресвятой Богородицы), была передана монашеской общине из фондохранилища музея состоялась 13 апреля 2004 года, в день памяти священномученика Ипатия, епископа Гангрского. В монастыре имеется мощевик с частицей мощей покровителя обители.

В 2004 году в стенах Ипатьевского монастыря был возрожден Церковный историко-археологический музей Костромской епархии. Первым начинанием музея стало проведение, совместно с Государственным Историческим музеем и музеями Московского Кремля, выставки «Костромские святыни», посвященной 260-летию учреждения Костромской епархии.

30 декабря 2004 года Федеральным агентством по управлению федеральным имуществом Российской Федерации, согласно поручению Президента России В.В. Путина (Пр-2316 от 20.12.2003 г.), было подписано распоряжение № 1555-р о передаче зданий и строений Свято-Троицкого Ипатьевского мужского монастыря г. Костромы Костромской епархии. Завершение процесса по возвращению Русской Православной Церкви комплекса Свято-Троицкого Ипатьевского мужского монастыря города Костромы явилось знаменательной вехой для жизни монастыря. 31 декабря Костромской епархией, в лице ее структурных подразделений, с территориальным отделением Федерального агентства по управлению федеральным имуществом РФ были подписаны договор безвозмездного пользования и акты приема-передачи на весь комплекс строений Свято-Троицкой Ипатьевской обители. В новый 2005 год Костромская епархия вступила законным пользователем ансамбля Ипатьевского монастыря города Костромы.

4 января 2005 года Свято-Троицкий Ипатьевский мужской монастырь во время своего визита в город Кострому посетил председатель Совета Федерации Федерального Собрания Российской Федерации С.М. Миронов с супругой. В сопровождении главы самоуправления города Костромы И.В. Переверзевой гости поклонились чудотворной Ипатьевской иконе Божией Матери и имели встречу с управляющим епархией архиепископом Александром.

23 марта 2005 года Президент России Владимир Владимирович Путин, в ходе своего рабочего визита в Кострому, посетив Свято-Троицкий Ипатьевский мужской монастырь, высказался за необходимость развития Церковного историко-археологического музея и возрождения былой культурно-просветительской деятельности Ипатьевской обители. « Ипатьевский монастырь , – записал В.В. Путин в книге почетных гостей, – занимает особое место в истории Отечества и Православия. С его возрождением будет связано и возрождение России ».

В день памяти Царственных Страстотерпцев священноархимандритом обители архиепископом Костромским и Галичским Александром были переданы в дар монастырю ковчег с мощами святого блаженного Симона Юрьевецкого и ковчег с камнем из «Расстрельной комнаты» подвала Ипатьевского дома г. Екатеринбурга.

4 ноября 2005 г . состоялись торжества по случаю первого празднования нового государственного праздника «Дня единства народов России». Ипатьевский монастырь- место непосредственно связанное с окончанием страшного Смутного времени стал центром празднования Костромской области. При стечении огромного количества народа управляющий Костромской епархией передал в дар монастырю ковчег с частью Ризы Господней, несколько веков хранившейся в стенах обители и лишь чудом сохранившейся в годы лихолетья. В тот же день архиепископ Александр освятил Крест на храм в честь мучеников Хрисанфа и Дарьи. 15 ноября Крест был установлен над храмом.

В связи с окончательной передачей в 2005 году всех зданий и помещений в пользование братии монастыря, в монастыре произведены масштабные восстановительные работы по благоукрашению обители. С территории монастыря вывезено более шестидесяти грузовиков с мусором. На территории разбито два фруктовых сада, посажены цветы, декоративные кустарники и деревья

В Архиерейском корпусе выполнен внутренний ремонт храма святых мучеников Хрисанфа и Дарии, изготовлены новые рамы, установлена новая система отопления. Кроме установки креста над храмом был полностью обновлен барабан купола (новая обрешетка, металлическая обшивка) и изготовлен новый медный купол. Отремонтировано крыльцо корпуса. У Троицкого собора обители был произведен капитальный ремонт крыльца.

В Свечном корпусе монастыря был проведен полный внутренний ремонт. Смонтированы новые системы отопления, водопровода, электропроводки, пожарной и охранной сигнализации. Полностью заменена кровля корпуса, обновлены и покрашены фасады здания. Заменены столярные изделия на 2-м этаже. В завершающей стадии внутренний ремонт : перепланировка, штукатурка, шпатлевка, окраска, устройство подвесных потолков, устройство новых полов (плитка, ламинат). На первом этаже Свечного корпуса ведутся работы по устройству нового фондохранилища – строительство новых кирпичных перегородок, армирование стен, штукатурка, шпатлевка, покраска, устройство подвесных потолков, устройство пола (плиточное покрытие).

Выполнены внешние ремонтные работы в братском, келарском корпусах и кельях над подгребами. В кельях над погребами заменены системы отопления, водоснабжения, канализации, электроснабжения. В административном корпусе отремонтировано десять помещений общей площадью более 280 м 2 . Выполнена частичная перепланировка. Выполнены работы по устройству электропроводки, установки новых систем водопровода и канализации. На территории монастыря отремонтирована дорога.